В Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации могут поступать юноши и девушки на любую специальность или направление. Девушки могут поступать, в том числе и на пилота, авиадиспетчера, если будет положительное решение специальной комиссии ВЛЭК и пройдете профессиональный психофизиологический отбор. Возрастных ограничений нет. Поступление возможно после получения среднего общего образования.

Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации реализует две программы обучения на пилота. Одна программа – «Летная эксплуатация гражданских судов» (ЛЭГВС) - на бакалавриате, это профиль направления подготовки 25.03.03 «Аэронавигация», срок обучения – 4 года. Другая программа – «Организация летной работы» (ОЛР) – на специалитете, это специализация специальности 25.05.05 «Эксплуатация воздушных судов и организация воздушного движения», срок обучения – 5 лет. Обучение на пилота по этим двум программам в основном различается сроком обучения, количество часов летной практики и тренажерной подготовки одинаково.

На льготную категорию абитуриентов выделяется не более 10% бюджетных мест. На остальные бюджетные места абитуриенты поступают в свободном конкурсе или по целевому приему в Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации.

Правила приема в вуз утверждаются ежегодно. В 2018 году абитуриенты, имеющие диплом о среднем профессиональном образовании, могут поступать в Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации без ЕГЭ по вступительным экзаменам в самом вузе.

Для поступления в Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации на диспетчера требуется сдавать вступительные испытания по русскому языку, математике профильного уровня, физике. Кроме того, необходимо пройти специальную комиссию ВЛЭК и профессионально-психофизиологический отбор. Ежегодно выделяются бюджетные места, на которые проходной балл составляет около 220. Стоимость обучения по ценам на 2018-2019 учебный год около 200 000 рублей в год.